在创圣纪0011年的地球，一场大异变夺去了人类2/3的生命。南极冰山溶化，神秘的亚特兰蒂亚再次浮出水面，而被誉为"堕天翅族"的双翼生物苏醒了。这个种族将生物机械兵器"神话兽"不断送入人类城市，抓取并摄取人类的生体能源"Purana"。人类感到绝望，但他们发现了三台深藏海底的组合战斗机"VectorMachine"，据说是1万2千年前让"堕天翅族"走向灭亡的战器。当这三台战斗机组合后，机械天使"Aquarion"就会诞生。但要启动"Aquarion"，需要有人与机体的机械生命感应共鸣，这些人也被称为"Element"。这要求十分特殊的五感和纯真的灵魂，因此被选中的机师都是十五岁左右的少年少女。现在，"机械天使Aquarion"合体的时刻到来了，人类将挺身反击，与"堕天翅族"展开一场惊心动魄的战斗！g